Les aliments sont bien mâchés dans la bouche, grâce aux dents et insalivés (la salive vient des glandes annexes : sous-maxillaires, parotides, sublinguales).
La digestion est amorcée à ce niveau et se poursuivra tout au long du tube digestif grâce à la sécrétion des enzymes digestives.
Ils continuent leur trajet dans l'œsophage puis dans l'estomac où ils sont brassés, malaxés, imbibés de différents sucs gastriques . Puis ils cheminent vers le duodénum (1ère partie de l'intestin grêle) où ils reçoivent des sucs pancréatiques et la bile (secrétée par le foie et stockée dans la vésicule biliaire). La bile joue un rôle prédominant dans l'émulsification des graisses.
Ils continuent leur chemin vers la deuxième partie de l'intestin grêle où est secrété le suc intestinal riche en enzymes digestives. C'est le lieu principal de la digestion et de l'absorption des nutriments et de l'eau dans le tube digestif.
90% de l'absorption s'effectue dans l'intestin grêle (l'absorption est le passage de la nourriture digérée, du tube digestif au système cardio-vasculaire et au système lymphatique, en vue de la distribution aux cellules).

Toute substance non digérée est cédée au gros intestin.

Le gros intestin a une longueur qui varie entre 1,50 m et 1,80 m.
Le calibre du côlon diminue du cæcum à l’anus, diamètre de 7 à 8 cm à l’origine du côlon ascendant, 5 cm sur le côlon transverse et de 3 à 5 cm sur le côlon descendant et le côlon sigmoïde.

Une synergie d’environ 150 m²

(L’équivalent d’un cours de tennis)

Dans le gros intestin, la fraction alimentaire non absorbée est condensée par déshydratation : 90% de l'eau qui pénètre dans le côlon est absorbée (environ 1 litre / jour), 100 ml restent dans les fèces.
L'association de mouvements segmentaires + péristaltiques du côlon permet un véritable brassage du contenu colique ce qui facilite sa déshydratation.

Puis la dernière étape de la digestion est effectuée par les bactéries coliques . La fraction alimentaire qui portait, dans l'intestin grêle, le nom de chyme, porte alors, le nom de fèces.

Outre la réabsorption de l'eau, l'autre fonction principale du côlon est d'amener les déchets, éléments non assimilables par l'organisme, vers l'extérieur. Les fèces sont transportés jusqu'au rectum grâce à des mouvements caractéristiques du gros intestin : brassage haustrale ondes péristaltiques, mouvements de masse. Ces derniers poussent les matières fécales dans le côlon sigmoïde et dans le rectum.
La distension de la paroi rectale stimule les mécano-récepteurs qui déclenchent le réflexe de défécation.
Si les fèces ne sont pas expulsées, elles reviennent dans le côlon sigmoïde en attendant que les mouvements de masse suivants stimulent de nouveau les mécano-récepteurs.

Le gros intestin étant un lieu d'échange, le rôle de sa paroi est essentiel .

Sa muqueuse est formée d'une seule couche de cellules séparant l'intérieur du côlon des capillaires sanguins et lymphatiques, en contact immédiat. Cette muqueuse intestinale conditionne la quantité et la qualité de nos apports alimentaires .Par sa surface comme par sa minceur, elle représente notre interface la plus vulnérable aux agressions du monde extérieur, d'autant plus que les pathogènes grouillent littéralement, à proximité, dans la lumière intestinale.

Afin de préserver son intégrité, elle est en continuel renouvellement. Les cellules mortes sont évacuées dans les selles tandis que les multiplications cellulaires se font en 48 heures.(cellules qui se renouvellent le plus rapidement de tout le corps). Cette paroi délicate est un barrage contre les toxines et microbes présents dans l'intestin, dans la mesure où un taux suffisant d' Acides Gras Essentiels, les fameux « oméga » dont toutes les littératures parlent actuellement, aussi bien médicales que grand public , entre dans la composition des membranes cellulaires. En effet, leur présence donne une plus grande souplesse aux membranes et augmente leur  « étanchéité  », facilitant le transit intestinal.

Cependant lors de nos mauvaises habitudes alimentaires, on observe une carence d'apport en Acides Gras Essentiels,(oméga 3, 6, 9) ainsi que des inflammations et irritations de la paroi intestinale surtout dues à la stagnation de matières.

Celles-ci se dessèchent et provoquent localement le dessèchement et l'épaississement de la couche de mucus qui tapisse la paroi du côlon. Dans un deuxième temps, on peut observer la diminution voire la disparition du mucus. Ces zones fragilisées peuvent s'ulcérer ou saigner et provoquer des douleurs.

Le sang doit toujours rester aseptique c'est à dire sans germe, alors que l'intestin est un bouillon de culture donc il est indispensable que cette paroi intestinale soit en bon état. Dans le cas contraire, toxines et microbes passent par les brèches de la paroi devenue poreuse.; ensuite ils empruntent deux voies :
- la voie sanguine qui les amène au foie par la veine porte, qui va les filtrer, les détruire et les éliminer,
- la voie lymphatique , où ces toxines et microbes traversent des ganglions lymphatiques, puis des canaux lymphatiques, avant de se déverser dans la circulation sanguine.

Une invasion ponctuelle et limitée des microbes et toxines sera rapidement jugulée et maîtrisée par ces barrages à franchir que sont le foie et les ganglions lymphatiques
.
Mais en cas d'agressions chroniques( tel que constipation), le débordement permanent de toxines épuise les défenses naturelles. En nettoyant l'intestin on réduit le nombre de toxines et toxiques épurées par le foie, lui facilitant ainsi son travail par ailleurs.